Как и прежде, общественная деятельность Бородина в 80-х годах в наибольшей степени была связана с МХА и Женскими врачебными курсами.

Много времени и сил Бородин уделил в последнее десятилетие жизни своему любимому детищу - Женским врачебным курсам. Их судьба в 80-х годах была безрадостной. Объявив поход против высших учебных заведений - «рассадников опасного свободомыслия», реакция с особенной яростью ополчилась на женское образование. По распоряжению Александра III в 1882 году новый прием на Курсы был прекращен. Курсы были изъяты из ведения Военного министерства, частично содержавшего их, и сразу попали в тяжелейшее финансовое положение.

Бородин бросился спасать «погибающее», «несчастное учреждение». Во все концы страны полетели призывы к добровольным пожертвованиям для Курсов. Но и тут встретились препятствия: открытый сбор средств был официально запрещен, и пришлось действовать обходными путями: писать частные письма и т. п.

«Курсам приходится переживать, может быть, самую трудную пору своего существования, - писал Бородин одному из жертвователей в ноябре 1882 года.- С основания их минуло всего 10 лет, тем не менее они имеют уже свое прошлое, и хорошее прошлое, дающее им право на уважение и симпатии лучшей части русского общества. Честь же и слава той части общества, которая, без всякого официального призыва, спешит на помощь юному учреждению и несет свою лепту, чтобы выручить из беды погибающие Курсы. А нельзя не сознаться, что будущность Курсов всецело зависит теперь от материальной поддержки общества».

Помощь общественности позволила Женским врачебным курсам продлить свое существование. Тогда убедившись в провале попыток удушить Курсы безденежьем, правительство решило действовать в открытую. В конце 1886 - начале 1887 года все высшие женские учебные заведения, в том числе Врачебные курсы, были официально ликвидированы (единственное исключение составили Бестужевские курсы, но и там произошло резкое сокращение контингента слушательниц). Восстановлены они были лишь в 90-х годах.

Закрытие Женских врачебных курсов Бородин воспринял как глубокое личное потрясение, и тяжелые переживания, связанные с этим событием, несомненно, приблизили его смерть. «Когда для Александра Порфирьевича, - рассказывает А. П. Дианин, - стало ясно до очевидности, что курсы должны погибнуть, - нужно было видеть этого необыкновенного человека, с каким удвоенным вниманием, даже нежностью он стал относиться к самым ничтожным мелочам, касающимся курсов. Так только мать ухаживает за любимым больным ребенком, для спасения которого истощены все средства и которого медики давно уже приговорили к смерти. Когда же пришлось ломать лабораторию и перевозить из нее вещи в академию, А. П. не выдержал и просто расплакался. Впрочем, до последнего дня своей жизни А. П. не терял надежды, что Курсы снова воскреснут, причем с гордостью перечислял имена женщин-врачей, известных уже не только своими сведениями по медицине, но и той пользой, которую они принесли своей практической деятельностью». «Не может быть, чтобы дело женского медицинского образования в России так и погибло», - говорил он.